2002 წლის აპრილიდან, შპს ,,საერთაშორისო საზღვაო საწვრთნელ ცენტრში ,,მერკური”, დაიწყო ხარისხის მენეჯმენტის სისტემის დამუშავება საერთაშორისო სტანდარტის ISO 9001:1994 მოთხოვნების შესაბამისად და სერტიფიცირების ეტაპების წარმატებით გავლის შემდეგ, იმავე წლის ოქტომბერში, ცენტრს გადაეცა ხარისხის სისტემის შესაბამისობის პირველი სერტიფიკატი. პარალელურად, მიმდინარეობდა ხმს დამუშავება შპს ,,ბათუმის საზღვაო კოლეჯში-მეზღვაურთა სკოლაში”, რომელსაც პირველი შესაბამისობის სერტიფიკატი გადაეცა 2003 წლის იანვარში.
ISO 9001:1994 ვადის ამოწურვასთან და სტანდარტის ახალი ვერსიის ISO 9001:2000 ძალაში შესვლასთან დაკავშირებით, შპს ,,საერთაშორისო საზღვაო საწვრთნელ ცენტრს ,,მერკურის” 2004 წლის დეკემბერში გადაეცა ISO 9001:2000 მოთხოვნების შესაბამისობის სერტიფიკატი სამი წლის ვადით.
2007 წლის ივნისში, შპს ,,ბათუმის საზღვაო კოლეჯის” ბაზაზე დაფუძნდა შპს ,,ბათუმის ნავიგაციის ინსტიტუტი - საერთაშორისო საზღვაო მომზადების ცენტრი”, რომლის სტრუქტურაშიც შევიდა შპს ,,საერთაშორისო საზღვაო საწვრთნელი ცენტრი ,,მერკური”. დამუშავდა ხარისხის სისტემის დოკუმენტაცია ახალი სახელწოდების შესაბამისად და 2008 წლის თებერვალში სასწავლებელს გადაეცა ISO 9001:2000 სტანდარტის შესაბამისობის ახალი სერტიფიკატი და საერთაშორისო სასერტიფიკაციო ქსელის IQNet სერტიფიკატი სამი წლის ვადით.
2008 წლის 15 ნოემბრიდან გამოიცა ხარისხის საერთაშორისო სტანდარტის ახალი ოფიციალური ვერსია. სტანდარტის მეოთხე ვერსია არ შეიცავს ახალ მოთხოვნებს. ISO 9001-2008 სტანდარტს შეაქვს მხოლოდ განმარტებები ISO 9001:2000-ის მოთხოვნებში მსოფლიოში სტანდარტის დანერგვისას მიღებული გამოცდილების საფუძველზე, რაც გულისხმობს 8 წლის განმავლობაში მსოფლიოს 170 ქვეყანაში გაცემულ მილიონზე მეტ სერტიფიკატს.
2009 წლის 10 აგვისტოს, ,,უმაღლესი განათლების შესახებ” საქართველოს კანონში შესული ცვლილებების საფუძველზე სასწავლებლის დასახელება შეიცვალა და მას ეწოდა შპს ,,ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტი”. შეიცვალა ხარისხის სისტემის დოკუმენტაცია ახალი სახელწოდების შესაბამისად.
2010 წლის იანვარში, მორიგი საზედამხედველო აუდიტის შედეგების გათვალისწინებით შპს ,,ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტს” გადაეცა ISO 9001:2008 სტანდარტის შესაბამისობის სერტიფიკატი და IQNet სერტიფიკატი.
2011 წლის 29 თებერვალს, სერტფიცირების ვადის გასვლასთან დაკავშირებით და რესერტიფიკაციის აუდიტის შედეგების გათვალისწინებით, ბნსუ ხარისხის სისტემამ მოწონება დაიმსახურა და მიიღო ახალი სერტიფიკატები (ISO 9001:2008, IQNet) სამი წლის ვადით.
2014 წლის 20 და 21 თებერვალს შპს ,,რუსული რეგისტრი-ვესტჯორჯიას" აუდიტორების მიერ ბნსუ-ში ჩატარდა ხარისხის მენეჯმენტის სისტემის რესერტიფიკაციის აუდიტი. აუდიტის შედეგების საფუძველზე ბნსუ-მ მიიღო ხარისხის საერთაშორისო სტანდარტის ISO 9001:2008 შესაბამისობის და საერთაშორისო სასერტიფიკაციო ქსელის (IQNet) სერტიფიკატი.
2017 წლის 16 და 17 იანვარს, შპს ,,რუსული რეგისტრი-ვესტჯორჯიას” აუდიტორების მიერ, ბნსუ-ში ჩატარდა ხარისხის მენეჯმენტის სისტემის რესერტიფიკაციის აუდიტი. აუდიტის შედეგების საფუძველზე ბნსუ-მ მიიღო ხარისხის საერთაშორისო სტანდარტის ISO 9001:2015 შესაბამისობის სერტიფიკატი და საერთაშორისო სასერტიფიკაციო ქსელის (IQNet) სერტიფიკატი.
2020 წლის 20 და 21 თებერვალს, შპს ,,რუსული რეგისტრი-ვესტჯორჯიას” აუდიტორების მიერ, ბნსუ-ში ჩატარდა ხარისხის მენეჯმენტის სისტემის რესერტიფიკაციის აუდიტი. აუდიტის შედეგების საფუძველზე ბნსუ-მ მიიღო ხარისხის საერთაშორისო სტანდარტის ISO 9001:2015 შესაბამისობის სერტიფიკატი და საერთაშორისო სასერტიფიკაციო ქსელის (IQNet) სერტიფიკატი სამი წლის ვადით.
2023 წლის 9 მარტს თებერვალს, შპს ,,რუსული რეგისტრი-ვესტჯორჯიას” აუდიტორების მიერ, ბნსუ-ში ჩატარდა ხარისხის მენეჯმენტის სისტემის რესერტიფიკაციის აუდიტი. აუდიტის შედეგების საფუძველზე ბნსუ-მ მიიღო ხარისხის საერთაშორისო სტანდარტის ISO 9001:2015 მოთხოვნების შესაბამისობის სერტიფიკატი სამი წლის ვადით.
ხარისხის საერთაშორისო სერტიფიკატი არის საიმედოობის, ბნსუ-ში მომსახურების ხარისხის უზრუნველყოფის და მისი მუდმივი გაუმჯობესების, პერსონალის კომპეტენტურობის და საერთაშორისო დონეზე კონკურენტუნარიანობის გარანტი.