“ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტის” ისტორია იწყება 1999 წლიდან. ამ წელს დაარსდა ქალაქ ბათუმში „ბათუმის საზღვაო კოლეჯი - მეზღვაურთა სკოლა“. 2002 წელს კი მეზღვაურთა მომზადება-გადამზადებისა და სერტიფიცირების საერთაშორისო საზღვაო მომზადების ცენტრი „მერკური“. 2007 წელს მათ ბაზაზე დაფუძნდა ,,ბათუმის ნავიგაციის ინსტიტუტი - საერთაშორისო საზღვაო მომზადების ცენტრი“, 2008 წელს მას ეწოდა „ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტი“. 2013 წელს, ავტორიზაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით „ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტს“ მიენიჭა საგანმანათლებლო საქმიანობის უფლება. “ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტი” 2013 წლიდან აკრედიტაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით, ითვლება აკრედიტებულად და წარმატებით ახორციელებს პროფესიულ და აკადემიურ უმაღლეს (ბაკალავრიატი, მაგისტრატურა) საგანმანათლებლო პროგრამებს. საბაკალავრო საგანმანათლებლო პროგრამებია - „გემის მექანიკა“; „საზღვაო ნავიგაცია“; „საერთაშორისო გადაზიდვების ორგანიზება და მართვა“ ; სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამა - „სატრანსპორტო ლოგისტიკა“. ასევე, ბნსუ ახორციელებს მეზღვაურთა მომზადებისა/გადამზადების და საწვრთნელ პროგრამებს (კურსებს).
“ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტს” საგანმანათლებლო პროგრამებით, ინოვაციების ხელშეწყობით, თანამედროვე ციფრული ტექნოლოგიების სასწავლო პროცესში ინტეგრირებით აქვს ამბიცია და ყველა საჭირო რესურსი მისცეს სტუდენტებს მოტივაცია და შესაძლებლობა გახდნენ კონკურენტუნარიანი სპეციალისტები ადგილობრივ და საერთაშორისო ბაზარზე.